1000 Programı, üniversitelerin Ar-Ge kapasitesini kurumsal düzeyde güçlendirmeyi amaçlar. Destek, serbest konulu başvurularla değil, TÜBİTAK tarafından açılan çağrı başlıkları kapsamında verilir; her çağrıda hedeflenen kurum profili, bütçe üst sınırı ve proje süresi ayrıca ilan edilir.
Program, üniversite bünyesindeki araştırma yönetimi süreçlerinin iyileştirilmesi, araştırmacı kapasitesinin geliştirilmesi ve dış kaynaklı projelere başvuru performansının artırılması gibi kurumsal hedeflere odaklanan başvurular için uygundur.
